น้ำมีบทบาทที่สำคัญในการปรับปรุงดินเปรี้ยวจัด จำเป็นต้องทำควบคู่กับการจัดการดิน เพราะสามารถใช้น้ำยับยั้งความเป็นกรดและใช้ล้างกรดออกจากดินได้ การจัดการด้านน้ำมีหลายวิธีดังต่อไปนี้

ให้มีน้ำขังในดินช่วงฤดูแล้ง

          ถ้าดินแห้งเกินไปจะชักนำให้เกิดกรดมากขึ้น ควรปลูกพืชอย่างต่อเนื่องเพื่อป้องกันการเกิดกรดเพิ่มขึ้นเมื่อดินแห้ง

ใช้วิธีการขังน้ำที่ผิวหน้าดิน

         ในระยะเวลานานๆ ประมาณ 10-15 วัน ก่อนการปลูกข้าวเพื่อเพิ่ม pH ของดิน ป้องกันปฏิกิริยาการเกิดกรดในดินที่มีระดับ
ไพไรท์อยู่ตื้น และดินเปรี้ยวจัดแฝง

ควบคุมระดับน้ำใต้ดิน

          ให้เหมาะสมกับชนิดพืชที่ปลูกและฤดูกาล เพื่อป้องกันการเกิดกรดกำมะถัน การควบคุมน้ำใต้ดินให้อยู่เหนือชั้นดินเลนที่มีสารประกอบไพไรท์มาก เป็นการป้องกันไม่ให้สารประกอบไพไรท์ทำปฏิกิริยากับออกซิเจน เป็นวิธีการสำคัญที่จะป้องกันไม่ให้เกิดกรดกำมะถันในดิน

จัดทำคูระบายน้ำ

           เพื่อนำสารพิษออกจากพื้นที่ โดยแยกส่วนกับคลองชลประทาน อย่างไรก็ตาม การใช้ปูนควบคู่ไปกับการใช้น้ำชะล้างและควบคุมระดับใต้ดิน จะเป็นวิธีการที่สมบูรณ์ที่สุ การใช้ปูนในระยะแรกจะช่วยลดความเป็นกรดของดินได้อย่างดี ด และใช้ได้ผลมากในพื้นที่ซึ่งดินเป็นกรดจัดรุนแรง และถูกปล่อยทิ้งให้รกร้างว่างเปล่าเป็นเวลานาน การใช้ปูนเป็นการจุดชนวนครั้งแรก เพื่อให้น้ำทำงานอย่างมีประสิทธิภาพ อัตราการใช้ปูนโดยทั่วไปแล้ว ใช้เพียง 1-2 ตันต่อไร่ แล้วไถกลบ จากนั้นใช้น้ำชะล้างความเป็นกรด และพยายามควบคุมน้ำใต้ดินให้อยู่เหนือดินเลนที่มีสารประกอบไพไรท์ เพื่อไม่ให้ทำปฏิกิริยากับออกซิเจนปลดปล่อยกรดออกมา สารละลายเหล็กและอลูมินัมที่ถูกปล่อยออกมาก็จะถูกน้ำชะล้างออกไปและเมื่อความเป็นกรดไม่เกิดขึ้นอีก เนื่องจากสารประกอบไพไรท์ไม่มีโอกาสทำปฏิกิริยากับออกซิเจนความเป็นกรดก็จะลดลงเรื่อยๆจนถึงจุดที่ดินมีคุณภาพดีสามารถใช้ปลูกพืชเศรษฐกิจได้และให้ผลผลิตคุ้มกับการลงทุน