การจัดการพืช เป็นอีกวิธีที่สามารถเพิ่มศักยภาพการผลิตในพื้นที่ดินเปรี้ยวจัดได้ จากแนวทางการแก้ไขพื้นที่ดินเปรี้ยวจัด ที่ประกอบด้วยการจัดการด้านดินและการจัดการด้านน้ำดังกล่าวมาแล้ว การจัดการพืชโดยวิธีเลือกพันธุ์ข้าวที่ทนกรด หรือทนต่อการขาดธาตุอาหารบางชนิดและพันธุ์ข้าวที่ทนต่อสารพิษของเหล็กและอลูมินัมได้ ซึ่งจะเป็นการช่วยลดต้นทุนการผลิตจากการใช้ปูนในปริมาณต่ำ หรืออาจไม่ใช้ปูนปรับปรุงดินเลย ถ้าพันธุ์ข้าวชนิดนั้นๆทนต่อความรุนแรงของกรดได้สูง ดังนั้นในการเลือกพันธุ์ข้าวชนิดใดชนิดหนึ่งมาปลูกนั้น  ควรศึกษาข้อมูลของพันธุ์ข้าวชนิดนั้นๆ  ว่าสามารถเจริญเติบโตได้ดีในดินที่มีระดับความเป็นกรด-เป็นด่าง  (PH)  ที่เหมาะสมเท่าใด   ความเป็นกรดเป็นด่างที่ต่ำสุดหรือสูงสุดที่สามารถเจริญเติบโตได้